Sau khi Hàn Quốc công nhận nước Cộng hoà Nhân dân Trung Hoa, tuyến hàng không định kỳ Đài Bắc-Seoul bị đình chỉ, các hãng hàng không Hàn Quốc bị cấm chỉ bay qua vùng thông báo bay (FIR) Đài Bắc. Trong hai mươi năm sau, giữa hai thành phố chỉ khai thông chuyến bay thuê bao. Năm 1992, số lượng du khách qua lại song phương đạt 420.000 lượt, sang năm sau giảm xuống còn 200.000 lượt, đến năm 2003 mới khôi phục đến 360.000 lượt.[51] Cuối cùng, vào ngày 1 tháng 9 năm 2004, đại diện của hai bên ký kết hiệp định hàng không, cho phép máy bay hai bên tiến vào không phận của nhau. Hiệp định này không chỉ tái khai thông hàng không trực tiếp giữa Hàn Quốc và Đài Loan, mà còn cho phép tuyến bay từ Hàn Quốc đến Đông Nam Á có thể trực tiếp quá cảnh vùng thông báo bay Đài Bắc, không cần theo đường vòng qua Trung Quốc đại lục hay Philippines. Đương thời có nhà phân tích tính toán, điều này có thể tiết kiệm 33 tỷ won Hàn Quốc (29 triệu USD) phí nhiên liệu và các chi phí khác cho các công ty hàng không Hàn Quốc.[52]